种肥的施用方法有多种，如：拌种、浸种、条施、穴施或蘸根。 拌种是用少量的清水，将肥料溶解或稀释，喷洒在种子表面，边喷边拌，使肥料溶液均匀地沾在种子表面，阴干后播种的一种方法。 浸种是把肥料溶液溶解或稀释成一定浓度的溶液，按液种1：10 的比例，把种子放入溶液中浸泡12-24小时，使肥料液随水渗入种皮，阴干后随即播种。 
     蘸根是指对水稻及其他移植作物，在插秧或移栽前，把肥料稀释成一定浓度(一般是0.01-0.1%)的溶液，把作物的根部往肥液中蘸一下即插栽。成活率高、操作方便、效果良好。 开沟或挖穴后将肥料施入耕层3-5厘米的沟、穴中，再在肥带附近拌种，种肥距保持在3厘米以上。